Después de tres años sin trofeos consigue dos en un mismo año: La Copa de la UEFA en 1999 y la Copa Italia del mismo año. Durante una década, ha pasado por todas las categorías inferiores del club, desde Benjamín hasta llegar a debutar con el primer equipo. El 25 de mayo de 2012 Montoya jugó de titular, debido a la lesión de Dani Alves, la final de la Copa del Rey contra el Athletic Club, partido que ganaría el Barça por 3-0, obteniendo así su campeonato número 26 en dicha competición. Estuvo en la plantilla del Inter campeón de la Liga de Campeones de la UEFA 2009/10, pero no fue utilizado por Mourinho para los partidos de eliminación directa y la final. Desde entonces, Quaresma inició un camino imparable que le llevaría a estrenarse a los 17 años en el primer equipo, en el cual Quaresma debutó en 2001 con el Sporting de Portugal de la mano del entonces entrenador rumano László Bölöni. Quaresma estuvo sancionado sin jugar por un tiempo indefinido por haber discutido con el gerente del equipo Carlos Carvalhal, en el descanso del partido de la Europa League en el que el Beşiktaş cayo 3-0 ante el Atlético de Madrid.
El 19 de agosto de 2009 jugó por primera vez como titular con el primer equipo con motivo del Trofeo Joan Gamper, en el que los azulgrana fueron derrotados por el Manchester City. El 9 de agosto de 2018 se hizo oficial su fichaje por el Brighton & Hove Albion de la Premier League por 7 millones de euros. El 3 de julio de 2015 se hizo oficial su cesión por el Inter de Milán por dos temporadas con opción de compra de 7 millones de euros. ↑ Genoa, Donnarumma rinnova fino al 2018 Archivado el 18 de abril de 2015 en Wayback Machine. ↑ mundo deportivo (3 de julio de 2015). «Montoya cedido al Inter». Con 18 títulos internacionales reconocidos por FIFA, Independiente se ubica primero en este rubro en América, junto a Boca Juniors, y tercero en el mundo. Tras proclamarse campeón del mundo en EE. Como ya se ha mencionado anteriormente, con motivo del centenario del equipo el Deportivo Alavés creó otro himno de la mano del músico Mikel Izal titulado ‘Alta la frente’ en su versión en castellano y ‘Gora burua’ en euskera. El 19 de enero de 2014 ante el Levante llegó a la cifra de 50 partidos con el primer equipo.
En la temporada 2014-15, con la llegada de Luis Enrique su continuidad siguió bajando, jugando un total de 12 partidos con la camiseta azulgrana en toda la temporada. En el equipo lisboeta en que logró la Liga y la Copa portuguesas, la temporada 2001/02 jugaría 28 partidos anotando un total de 3 goles y sería una pieza fundamental en la obtención del doblete. Sin embargo, poco a poco comenzó a incorporar sus compañeros de equipo en el juego, y en su tercer año en el club se había convertido en un favorito de los aficionados y un componente clave de la escuadra. Así, se terminaron las especulaciones con la dorsal del chileno, luego de que no pudiera utilizar la 7, que actualmente la tiene Mauro Icardi, y de que el club había dejado sin designar el 17, número que Sánchez utilizó en el Arsenal. Al final de la temporada, Sabadini se unió a las filas del Catanzaro. Participó en 13 partidos, perdiéndose solo tres encuentros por lesión, pero a final de temporada volvió a Barcelona. Regresaría a Portugal, fichando por el Oporto que obligó al FC Barcelona a incorporarlo en la operación Deco.
En 2006 se marcha al Swindon Town, aunque el traspaso no se pudo llevar a cabo por el hecho de que en la Segunda División inglesa o se podía superar el de 60% del volumen de ventas en salarios de jugadores. Las pésimas campañas desde el Apertura 2010, agravadas por malas gestiones y crisis institucionales, dieron como resultado que Independiente finalice penúltimo en los promedios de puntos al término de la temporada 2012-13, quedando descendido en 2013 a la Primera B Nacional por primera vez tras 101 años en Primera División (consumado tras caer con San Lorenzo por 0-1 en la penúltima fecha), junto a San Martín (18.°) y Unión (20.°). En el ámbito institucional, la crisis tenía el Estadio Libertadores de América con las obras paralizadas y en un estado de extremo abandono, al igual que todas las instalaciones y campos de entrenamiento del club, y dirigentes enfrentados y amenazados por la barra brava. La temporada 2010-11 fue titular indiscutible con el F. C. Barcelona B en Segunda División. Martín Montoya ingresó con ocho años en el fútbol base del F. C. Barcelona.